Urodził się w dniu 16 czerwca 1848 roku w ubogiej rodzinie wiejskiej w Gurtweil koło Waldshut (Badenia, Niemcy, archidiecezja fryburska). Zmarł w Tafers koło Fryburga (Szwajcaria) w dniu 8 września 1918 roku. Został beatyfikowany w dniu 15 maja 2021 roku w Rzymie.
Od najmłodszych lat pragnął zostać księdzem. Na zrealizowanie planów musiał czekać dość długo z powodu trudnej sytuacji rodzinnej. Pracował fizycznie jako robotnik, był zdolnym i cenionym rzemieślnikiem. Cechowała go wytrwałość w dążeniu do upragnionego celu. W wieku 26 lat (rok 1874) rozpoczął studia teologiczne, a mając 30 lat (rok 1878) został wyświęcony na kapłana, w czasie, gdy Kościół w Niemczech przeżywał trudny okres kulturkampfu.
O. Jordan jako neoprezbiter otrzymał stypendium od biskupa pomocniczego Fryburga na studia języków orientalnych w Rzymie. Jednak już jako seminarzysta odczuwał wewnętrzne przekonanie, że Bóg wzywa go do założenia w Kościele dzieła apostolskiego. Decydująca dla realizacji Bożych planów okazała się jego podróż na Bliski Wschód, a zwłaszcza do Ziemi Świętej, w roku 1880. Podczas tej podróży ostatecznie zrozumiał, że Bóg wzywa go do założenia nowego dzieła, do pełnego zaangażowania się w apostolską misję Kościoła przy pomocy wszelkich możliwych sposobów i środków, jakie dyktuje miłość Boża. Kiedy wrócił do Wiecznego Miasta, założył 8 grudnia 1881 r. Apostolskie Towarzystwo Nauczania, które ostatecznie przerodziło się w instytut zakonny: Towarzystwo Boskiego Zbawiciela.
W swoim dziele od początku pragnął zjednoczyć wszystkie siły katolickie w ojczyźnie i na terenach misyjnych z jednym konkretnym celem: zachowywać, bronić i rozszerzać wiarę katolicką na całym świecie. Mężczyźni i kobiety, kapłani i świeccy, ludzie nauki i ludzie prości, organizatorzy różnych sektorów życia społecznego: wszyscy razem, przez różne stopnie przynależności do instytutu, powinni zjednoczyć się w założonym dziele, we wspólnej działalności apostolskiej. W dniu 8 grudnia 1888 roku, przy współudziale bł. Marii od Apostołów, założył żeńską gałąź Zgromadzenia - siostry salwatorianki.
O. Jordan był pierwszym przełożonym generalnym salwatorianów. Przebywając na stałe w domu macierzystym w Rzymie (dzisiaj Via della Conciliazione 51), z ogromną odwagą i zapałem zakładał liczne placówki apostolskie w Europie, Azji i Ameryce, wysyłając tam pierwszych salwatorianów. Ostatnie trzy lata swego życia spędził w Szwajcarii. Było to życie ukryte i naznaczone cierpieniem. Zmarł w wieku 70 lat po prawie półrocznej chorobie. W roku 1956 jego doczesne szczątki zostały przewiezione do domu macierzystego w Rzymie.
Proces beatyfikacyjny o. Jordana rozpoczął się w 1942 roku. 14 stycznia 2011 roku papież Benedykt XVI polecił Kongregacji promulgację dekretu o heroiczności cnót sługi Bożego. 19 czerwca 2020 roku papież Franciszek polecił promulgację dekretu o cudzie dokonanym za wstawiennictwem czcigodnego sługi Bożego. Ceremonia beatyfikacji Franciszka Marii od Krzyża Jordana odbyła się w Bazylice świętego Jana na Lateranie w Rzymie w dniu 15 maja 2021 roku, a przewodniczył jej delegat papieski kard. Angelo de Donatis, wikariusz generalny papieża dla diecezji rzymskiej. Relikwie bł. Franciszka Jordana znajdują się w kaplicy Domu Macierzystego Salwatorianów w Rzymie przy via della Conciliazione 51.
